Улучшению деятельности прокурорской системы способствовало образование в феврале 1959 г. в Прокуратуре СССР и в прокуратурах союзных республик коллегий. Коллегиальность была хорошим средством снизить число поспешных, необоснованных и субъективных решений. Первыми членами коллегии Прокуратуры Союза стали: Р. А. Руденко (председатель), A. T. Горный, П. И. Кудрявцев, В. В. Куликов, A. M. Мишутин, Г. Н. Новиков, И. Е. Савельев, Д. Ш. Салин, Г. А. Терехов.

При Руденко изменилась не только форменная одежда прокурорских работников, но и, что самое главное, содержание служебной деятельности стражей законности. Прокуроры, оставаясь главными защитниками государственных интересов, теперь были ориентированы в неизмеримо большей степени, чем раньше, на обеспечение прав и законных интересов граждан.

Занятый государственными делами, Руденко уже не так часто, как в первые годы, поднимался на судебную трибуну. Однако, как только возникло громкое уголовное дело, Генеральный прокурор взялся поддерживать по нему обвинение. Это было дело американского летчика-шпиона Ф. Г. Пауэрса, сбитого над территорией СССР 1 мая 1960 г.

Процесс над Пауэрсом показал большой прогресс, достигнутый советской правоохранительной системой, и высочайшую квалификацию Р. А. Руденко. После окончания судебного следствия и исследования всех доказательств Роман Андреевич произнес исключительно аргументированную, взвешенную и обстоятельную обвинительную речь. По оценкам западных юристов, Руденко был предельно справедлив по отношению к Пауэрсу.