Столицей Бухара снова стала в XVI веке с приходом к власти узбекской династии Шейбанидов.
В 1920 году Бухара стала столицей Бухарской народной советской республики, которая в 1924 году была разделена на Узбекскую ССР, Туркменскую ССР и Таджикскую АССР.
С 1938 года Бухара являлась центром Бухарской области Узбекистана.
