К этому времени на отвоёванных китайцами землях началась жесточайшая расправа над мусульманским на­селением. Через три недели после занятия Кашгара ки­тайцы полностью вырезали скрывавшихся в окрестно­стях урумчийских дунган. Земли и имущество восстав­ших отбирались в казну. Началось массовое бегство жи­телей Восточного Туркестана на российскую территорию. Это не могло понравиться ни Ташкенту, ни Петербургу. Пе­реговоры на высшем уровне, начатые в столице Российской империи, поначалу приведшие к соглашению, вскоре были сорваны китайской стороной. Отношения накалились до предела.