Проведение микроскопического исследования позволяет оценить качественный состав кала. В норме в нем могут присутствовать отдельные переваренные мышечные волокна, отдельные клетки перевариваемой растительной клетчатки и единичные лейкоциты. Признаком болезни является наличие соединительной ткани, нейтрального жира, жирных кислот, крахмала, слизи и эпителиальных клеток. В рамках копрограммы исследуется микрофлора кишечника. Так, в норме в кале определяются лактозонегативные энтеробактерии, энтерококки, бифидобактерии, микробы рода протеев, дрожжеподобные грибы. Соответственно, появление других микроорганизмов или нарушение соотношения микробных клеток может указывать на изменения в микрофлоре.