Причина появления такого эффекта состоит в том, что используемые в совместной деятельности по достижению цели системы ресурсы (факторы) могут в результате их кооперации, концентрации, специализации, взаимодополняемости, взаимозаменяемости, комплексности, оптимальности соотношения, согласованного поведения взаимно усиливать или ослаблять друг друга. Синергия зависит также от уровня развитости самих факторов и их соответствия требованиям среды (превышение этого уровня приводит к отрицательной синергии, поскольку ресурсы оказываются излишними).

В основе закона синергии лежит принцип эмерджентности сложных систем, в соответствии с которым совместное действие нескольких факторов всегда или почти всегда отличается от суммы раздельных эффектов.