Период до 260 года, когда границы Римской империи вновь подверглись нападению германцев, считается эпохой расцвета Виндобоны, где помимо ветеранов и регулярных римских частей жило около 20 000 человек. Виндобона играла такую важную роль, что в 212 году получила правовой статус гражданского поселения с правами города (муниципиума). Однако в 396 году, после очередного нападения маркоманов, городу были нанесены очень серьезные повреждения. Тем не менее Виндобона была вновь восстановлена и стала местом базирования Истрийского флота.
В V веке Видобонда была оставлена римлянами. При этом следует отметить, что в последний период римского владычества Виндобона называлась Фабианой (Fabiana), по имени стоявшей в ней Фабиевой когорты (Cohors Fabiana). После оставления города римлянами он был сожжен гуннами.
Позднее, в VI веке, на город напали лангобарды. Нашествия шли отовсюду, и оказалась необходима твердость короля франков Карла Великого, чтобы город возродился и перестал постоянно дрожать от страха.
