Записывая ежедневно все переживания души, как благодатные, так и греховные, он за все доброе благодарил Господа, а со злом усиленно боролся и заботился об изглаждении его через самоукорение, молитву и тайное покаяние. В последнем отец Иоанн приобрел необыкновенную удобоподвижность: всякое недоброе чувство, всякий дурной помысел непременно сопровождался у него сокрушением и взыванием ко Господу о прощении и помиловании. И за такое вольное и постоянное исповедание Спаситель обвеселял сердце великого пастыря, исполнял его миром, утешением, или, как выражался сам батюшка, "пространством", вследствие чего господствующим состоянием отца Иоанна была бодрость духа и постоянная свежесть физических сил. Узнав на опыте, какое великое значение имеет тайное покаяние в деле нравственного созидания, он и другим, ревнующим о благочестии, советовал прибегать к тому же.
