На своей должности Лопухин продержался недолго. Его сместили за то, что полиция не уберегла великого князя Сергея Александровича, хотя произошло это, как мы знаем, именно вследствие провокаторской деятельности Азефа – о его истинной роли не догадывался даже директор Департамента. Впоследствии именно Лопухин – уникальный случай – помог революционеру Бурцеву, заподозрившему Азефа в предательстве, разоблачить двойного агента. Революционерам при этом его превосходительство нисколько не сочувствовал, он всего лишь хотел очистить полицию от грязи. Азеф скрылся, а Лопухин за провал ценного агента был приговорен к 5 годам каторги.