С 1895 г. в институте Дмитрий Николаевич читал студентам курсы «Частное земледелие» и «Учение об удобрении». По материалам лекций в 1898 г. вышел учебник Д. Н. Прянишникова «Частное земледелие», выдержавший 8 изданий, в котором применению удобрений уделялось должное внимание, а в 1900 г. вышло первое в России издание книги «Учение об удобрении». В дальнейшем в 1934 г. эта книга была переработана в учебник «Агрохимия», за который в 1940 г. ему была присуждена Государственная премия.

По его учебникам «Учение об удобрении», «Агрохимия», «Растениеводство» и «Химия растений» учились поколения студентов и специалистов нашей страны и многих других стран. Еще при жизни Дмитрия Николаевича учебники были переведены на многие иностранные языки и считались лучшими пособиями в мировой учебной литературе.