По инициативе Д. Н. Прянишникова и с его участием в 1919 г. был организован первый научный институт по удобрениям (НИУ). В нем Дмитрий Николаевич с 1919 по 1929 г. заведовал агрохимическим отделом, а в 1931 г. организовал создание Всесоюзного института удобрений и агропочвоведения (сейчас ВНИИА), где он в течение 17 лет (с 1931 г. до своей кончины 1948 г.) руководил лабораторией минеральных удобрений. Он сделал фундаментальный вклад в учение об удобрении. На его трудах, которых более 600, воспитано не одно поколение агрономов и научных работников.