Чтобы не работать через командную строку с Telnet, можно использовать Secure Shell (SSH), а вместо передачи файлов по FTP вы можете использовать Secure File Transfer Protocol (SFTP), который основан на SSH.
SSH — удобный протокол для защиты связи, поскольку по нему можно отправлять много типов трафика. Вы можете использовать его для передачи файлов и доступа к терминалу, как уже упоминалось, а также для защиты трафика в различных других ситуациях, например при подключении к удаленному рабочему столу, общении через VPN и настройке удаленных файловых систем.