Я создаю не Руководство пользователя, а Документацию для каждого отдела. Причем, эта документация охватывает не только работу с программным обеспечением, но и работу сотрудника в целом. А в разрезе работы с программным продуктом я наоборот, перечисляю только то, что нужно для работы конкретного отдела