Суть окраски раствором «Люголя» в следующем – в клетках зрелого многослойного эпителия содержится гликоген, который вступает в реакцию с йодом, окрашивая шейку в темно-коричневый цвет. Цилиндрический эпителий гликоген не содержит, поэтому не окрашивается. Метапластический эпителий в переходной зоне не может полноценно окраситься, так как он незрелый и в нем нет достаточного количества гликогена. Самые различные причины, не имеющие отношения к вирусу папилломы человека, могут приводить к тому, что участок шейки матки не окрашивается «Люголем». Это и воспаление, и процесс заживления после травмы или операции, атрофия, гормональные изменения.