Так как сквозные тесты оказываются наиболее затратными в отношении сопровождения, лучше выполнять их на более поздней стадии билд-процесса, после прохождения всех юнит- и интеграционных тестов. Возможно даже их выполнение только на билд-сервере, а не на машинах отдельных разработчиков.