Иногда рефлюкс связан с грыжей пищеводного отверстия диафрагмы. Для ее обнаружения гастроскопия неэффективна. Увидеть грыжу можно только с помощью рентгена или других методов медицинской визуализации. Лечится она хирургическим способом.