Пятнадцатого июня 1961 года Келдыш возглавил академию. На новом посту он столкнулся с проблемами не только научного, но и политического свойства. Хрущев хотел вывести научные институты из подчинения академии, передать их отраслевым министерствам и отправить подальше от Москвы и поближе к производству — пусть ученые-мечтатели поварятся в рабочем котле.