Проходит в Гавани от Детской улицы до большого бассейна Галерной гавани (см.: Гаванская улица). Магистраль проложена на месте русла речки, начинавшейся в болотах Смоленского поля возле нынешний 25-й линии, между Малым и Средним проспектами, и впадавшей в Финский залив. Речка в XVIII веке именовалась Черной или Глухой, а также Глухим протоком. Наименование Шкиперский проток было дано официально в 1859 году. Нередко использовалось и сокращенное – Шкиперка.

В XVIII и XIX веках речку использовали для водоснабжения населения. Через нее было переброшено несколько мостов: так, по нынешней Гаванской улице мост именовался Гаванским или Офицерским. Другой, Горбатый, находился на Смоленском поле, в истоке речки, примерно в начале нынешней улицы Беринга. Существовали также и безымянные мосты: в устье, по Наличной улице, а также мост на остров, находившийся за нынешним кинотеатром «Прибой».

Основную часть русла протока засыпали в 1906–1907 годах. В 1920-х годах засыпали и устье протока. С этого времени набережная Шкиперского протока превратилась в улицу, сохранившую в своем названии память о бывшей речке.